Ybl Miklós közel ötven éven át tervezett és valósított meg építészeti remekműveket. Az általa megálmodott templomok és kápolnák, kastélyok és paloták, fürdők, mauzóleumok és síremlékek, hivatali épületek és egyszerű középületek nagy része még ma is áll. A Magyar Állami Operaház (épült 1873-1884 között), a Budai Takarékpénztár (1860-1862), a Fővámház (1870-1874, ma a Corvinus Egyetem főépülete), a Pesti Hazai Első Takarékpénztár Anyaintézete (1866-1884, ma Ybl Palota) és több, a fővárost szebbé tevő épülete ma is fontos műemlék. Budapesten és vidéken egyaránt épített kastélyokat, palotákat, lakóházakat; megtervezte a Rácz-fürdő épületét (1863-1870, részben elpusztult).

Több templomot is épített: a fóti római katolikus templom (1845-1855), a lipótvárosi Szent István-templom (ma Szent István- Bazilika, 1867-1891) mellett Nagycenken és Kecskeméten is. Az ő tervei alapján kezdték meg 1896-ban a budai várpalota kibővítését, a krisztinavárosi szárny építését, részt vett a margitszigeti és a Budai várnál történő építkezésekben, a Várkertbazár megszületésében.

Építészeti zsenijét számos épület őrzi: ezek egy része mára elpusztult, lerombolták; másokat felújítottak, átépítettek. A még ma is álló épületek, műemlékek nem csak jelentős emlékei Ybl Miklósnak és a 19. századi magyar építészetnek, hanem alapvető turisztikai látnivalói is. 1953-ban tiszteletére megalapították az Ybl Miklós-díjat, a legrangosabb magyar építészeti elismerést.