Brassóban született, feltehetőleg 1526 és 1530 között. Tíz éves korában került Szapolyai János udvarába, ahol lantjátékot tanult. Mivel későbbi művei olasz hatást is mutattak, elképzelhető, hogy az abban az időben az udvarban működő Matthias Marigliano is tanára volt, aki korábban X. Leó pápa magánzenészeinek egyikeként dolgozott. Az 1540-es évek végén Bakfark, miután Szapolyai özvegyének, Izabellának szolgálatából távozott, Párizsba utazott, hogy munkát keressen, de a királyi lantos pozícióját addigra betöltötték, így tovább kellett mennie. 1549-ben lett II. Zsigmond Ágost lengyel király lantosa, akit kisebb megszakításokkal tizenhét évig, 1566-ig szolgált, és legfőbb pártfogójával, a porosz Brandenburgi Albert herceggel is itt találkozott. 1550-ben Krakkóban megházasodott, felesége Katarina Narbutovna, egy litván származású özvegy lett. 1550 őszén látogatott először Albert herceg udvarába, Königsbergbe.

További utazásainak elsődleges célja valószínűleg az volt, hogy műveinek kiadót találjon, ezért látogatott el Danzigba, Wittenbergbe és Augsburgba. Sikert azonban csak Lyonban ért el, ahol Tournon gróf támogatásával – akit közben érseki rangra emeltek – 1553-ban megjelent első önálló publikációja. A lengyel király wilnai udvarához azonban annak ellenére is hűséges maradt, hogy – növekvő hírnevének köszönhetően – útközben több uralkodó is helyet ajánlott neki. Észak-Itálián keresztül tért vissza Königsbergbe, majd onnan 1554-ben Lengyelországba. II. Zsigmond Ágostnak ajánlotta műveinek második önálló gyűjteményét, amelyet saját költségén, Krakkóban adatott ki. Az udvart 1566-ban rejtélyes körülmények között hagyta el: nem tudni, pontosan mi történhetett, de Bakfark alig tudott elmenekülni a király haragja elől, amikor a lengyel sereg katonái átkutatták a házát, és megsemmisítették minden ingóságát.

Ezután rövid ideig Bécsben élt, ahol három évig szolgálta II. Miksa császárt és magyar királyt. 1568-ban tért haza Erdélybe, majd 1571-ben Olaszországba, Padovába költözött. 1576. augusztus 8-án halt meg a városban dúló pestisjárványban. Mivel a korban a pestis áldozatainak minden tulajdonát elégették, hogy megakadályozzák a járvány továbbterjedését, Bakfark összes kézirata megsemmisült.

Ez az oka annak, hogy fennmaradt művei nagyrészt lengyelországi éveiből származnak, de néhány darabját megtalálhatjuk különböző olasz lant tabulatúrák kéziratos könyveiben is. Lantkompozícióinak és lantátiratainak színvonalas kidolgozása és igényessége igazolja Bakfark magas fokú hangszer játékosi és általános zenei képzettségét, tájékozottságát a kor zenei életében. Megismerte az itáliai lantzenét és lanttechnikát, valamint a németalföldi vokálpolifóniát. Műveit ritkán nyomták újra, valószínűleg azért, mert technikai nehézségük nagyon sokáig egyedül szerzőjükön nem fogott ki. Tíz szóló lantra írt fantázia, hét madrigál, nyolc chanson és tizennégy motetta maradt fenn tőle.

Emlékére és tiszteletére az oroszlányi zeneiskola az ő nevét vette fel.